Η Σχοινούσα εγκαταλείφθηκε αρκετές φορές από τους κατοίκους της, λόγω των συχνών πειρατικών επιδρομών. Από τα μέσα του 19ου αιώνα, το νησί άρχισε να κατοικείται και πάλι, ενώ τα τελευταία χρόνια, η Σχοινούσα αναπτύσσεται τουριστικά με την δημιουργία νέων ιδιαίτερων καταλυμάτων.